Фёдор Иоаннович был слаб здоровьем и по мнению, распространявшемуся приближенными, слыл якобы слабоумным.
В начале его правления обострилась борьба за влияние на государя между боярами Шуйским и Годуновым, которая успокоилась после того, когда всеми государственными делами стал руководить брат царицы Ирины Фёдоровны, Борис Годунов.
Фёдор Иоаннович всячески поощрял идеи просветительства, состоял в переписке с Симеоном Медведевым.
В царствование Фёдора Иоанновича Русь вела войну со Швецией.
В 1595 г. по Тявзинскому миру были возвращены города Ям, Иван-город, Копорье и Корелу с уездом.
В это время успешно отражались и набеги крымских татар. Для усиления южного порубежья было решено построить ряд городов-крепостей, Белгород, Оскол и др.
В 1596 г. Фёдор Иоаннович повелел "Запустению преданный от богомерзкого царя Батыя град Куреск обновити и на курском прежнем городище град устроити и нарещи его по прежде именованному Куреск и из окрестных градов многими обитателями наполнити". На Семь (Сейм) на курское городище посланы городы ставить воевода Иван Полев да голова Нелюб Огарев, да подъячей Яков Окатьев.
Летом началось строительство Курской крепости. Тогда же начали строиться, Рыльская крепость и укрепленный монастырь Коренная пустынь.
Для строительства и несения службы в этих крепостях принудительно направлялись стрельцы, казаки и прочий служилый люд из Орла, Мценска и других мест, жители слобод, существовавших на курских землях ещё во времена Ивана IV. Им выделялись небольшие земельные наделы, после чего они и становились постоянными жителями при крепостях.
В это же время на Руси значительно усилились феодальная эксплуатации и закрепощение крестьян, были введены урочные лета. Это вызывало волнения в Москве (1584 и 1587), Угличе (1591), в Иосифо-Волоколамском монастыре (1594-1595) и др., жестокие подавления которых способствовали бегству недовольных крестьян и городских ремесленников на малозаселенные южные окраины государства.
На Курской земле беглые селились, в основном, под защитой стен Курской крепости и монастыря Коренная пустынь, пополняя соответственно армию строителей и защитников.
Скончался Фёдор Иоаннович от смертельной болезни. Похоронен в Москве.
В народном сознании Фёдор Иоаннович оставил о себе память как боголюбивый и милостивый государь.
В годы Смуты (начало XVII в.) имя этого царя было весьма популярно. Каждый самозванец объявлял себя родным братом Фёдора Иоанновича, либо его близким родственником.
В период его правления зодчий Федор Конь возвёл стены и башни Белого города. Литейщик Андрей Чохов отлил Царь-пушку, на которой есть изображение лика Фёдора Иоанновича. Ныне эта пушка одна из достопримечательностей Московского Кремля.
Ист: Разрядная книга. 1475-1598 гг. М. «Наука», 1966.